Em período extremamente curto, parte do mês de Outubro, foi efectuada a inscrição de cerca de oitocentos Médicos Veterinários que vieram a constituir os cadernos eleitorais, organizaram-se as eleições para todos os órgãos nacionais, tendo o primeiro acto eleitoral ocorrido em Dezembro de 1991. Foi empossado como primeiro Bastonário o colega Fernando Cardoso Paisana, e realizada a primeira Assembleia Geral da OMV que aprovou o Programa de Actividades para 1992, primeiro ano do mandato que iniciou esse triénio (1992 -1994).

Nas eleições para as Delegações Regionais da Ordem foram eleitos como primeiros Presidentes dos Conselhos Regionais Norte, Centro e Sul respectivamente os colegas, Miguel Ângelo Fernandes, Mário Fontes e Sousa e João Manuel Ramalho Ribeiro.

Neste primeiro mandato teve especial relevo, em Dezembro de 1994, a aprovação em Assembleia Geral o Código Deontológico Médico Veterinário, proposto pelo Conselho Profissional e Deontológico, então presidido pelo colega Guilherme Augusto da Silva Pinto Guimarães.

Para os dois mandatos seguintes, de 1995 até 2000, foi eleito Bastonário o Colega José Augusto Cardoso de Resende.

Foram aprovados nesse período os Regulamentos de Inscrição, Regulamento Disciplinar, Regulamento Interno de Exercício da Actividade Clínica, Regulamento dos Centros de Atendimento Médico Veterinário e Regulamento das Especialidades em Medicina Veterinária.

Os 1º, 2º e 3º Congressos da OMV realizaram-se, respectivamente em 1996 - Lisboa, 1998 - Figueira da Foz e 2000 - Lisboa.

Foi instituído o Dia do Médico Veterinário em 1998, tendo em atenção a coincidência com a comemoração da criação da Ordem em 4 de Outubro de 1991 que se realizou pela primeira vez em Lisboa.

A assinatura de um Protocolo, em 2000, com a Faculdade de Medicina Veterinária de Lisboa, a Ordem passou a estar instalada no edifício da Escola Superior de Medicina Veterinária, transitando das antigas instalações na Rua Victor Cordon nº 30, 2º Dtº em Lisboa.

Em 2001 foi eleito o terceiro Bastonário o colega Tito Horácio Fernandes, que não concluiu o mandato, tendo sido substituído provisoriamente em Dezembro de 2001, pelo Vice-Presidente do Conselho Directivo, colega Manuel Abreu Dias. Com a realização de eleições intercalares em Março de 2002 concretizou-se a eleição do novo Bastonário, colega Jaime Eduardo Nascimento de Sousa e Menezes.

A 4 e 5 de Outubro de 2003 realizou-se em Braga o 4º Congresso da OMV.

Em 2003 e 2006 foi eleito para o terceiro e quarto mandato o colega José Augusto Cardoso de Resende, para o triénio 2004-2006 e 2006-2008, respectivamente.

Em Outubro de 2008 foram realizadas eleições intercalares, tendo sido eleito para Bastonário, o colega João Pedro Sameiro de Sousa.